A POP3 és az IMAP protokoll közötti lényeges különbség a levelek kezelési elvében mutatkozik. POP3 egygépes megoldásoknál jobb, takarékos lehet a tárhely használatnál mivel (alap beállításban) a levelet törli a szerverről miután a kliens gépre lementette. Az IMAP több gép, telefon esetén jobb megoldás mivel a szinkronban tartja a két oldalt: a szerveren és a gépeken is a levelek ugyanazok (ismét csak, alap beállítások szerint). Ha a lokálist törlöd a szerverről is törlődni fog, tehát a többi gépről, telefonról is. Nagy e-mail tárterületet igényel, de nem szükséges e-mail klienst használni, Webmail felületre ideális. A két rendszert lehet, de nem ajánlott keverni.